در راستای ارتقای اثربخشی و هدفمندی نظام پژوهش سلامت، هدایت بهینه منابع پژوهشی و همسوسازی فعالیت‌های تحقیقاتی دانشگاه با نیازها و چالش‌های واقعی نظام سلامت، به استحضار می‌رساند معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، "شیوه‌نامه اجرایی تعیین اولویت‌های تحقیقات مرتبط با سلامت" را به دانشگاه‌ها و دانشکده‌های علوم پزشکی کشور ابلاغ نموده است. شیوه‌نامه با هدف ایجاد چارچوبی منسجم، نظام‌ مند و مبتنی بر شواهد برای شناسایی، تعیین، بازنگری و به‌ روزرسانی اولویت‌های پژوهشی تدوین شده و بر بهره‌گیری از شواهد علمی، اسناد بالادستی، نیازهای ملی و منطقه‌ای نظام سلامت و همچنین مشارکت مؤثر ذی‌نفعان و صاحب‌ نظران تأکید دارد. بر اساس مفاد شیوه‌نامه مذکور، دانشگاه‌های علوم پزشکی موظف‌اند با ایجاد سازوکارها و ساختارهای تخصصی لازم، فرآیند تعیین اولویت‌های پژوهشی را به‌ صورت نظام‌ مند اجرا و ضمن مستند سازی مراحل مختلف، فهرست اولویت‌های پژوهشی دانشگاه را در دوره‌های زمانی مشخص مورد بازنگری و به‌ روز رسانی قرار دهند. از طرفی به‌ کارگیری نتایج حاصل از فرآیند اولویت‌گذاری در سیاست‌گذاری پژوهشی، حمایت از طرح‌های تحقیقاتی و هدایت و تخصیص منابع پژوهشی از محورهای اساسی مورد تأکید شیوه‌نامه است. با توجه به نقش و جایگاه آن معاونت در شناسایی مسائل، نیازها و چالش‌های حوزه تخصصی مربوطه، مشارکت فعال آن معاونت در این فرآیند از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. شناسایی دقیق مسائل و نیازهای پژوهشی در سطح واحدهای اجرایی و تخصصی، می‌تواند زمینه‌ ساز هدایت ظرفیت‌های علمی و پژوهشی دانشگاه به سمت حل مسائل واقعی و اولویت‌ دار نظام سلامت و افزایش کاربرد پذیری و اثربخشی نتایج تحقیقات شود.